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吉大一生物信息学实验室
05. sam
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吉大一生物信息学实验室
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Notes
Notes
第零章 开始之前
第一章 常用工具
第一章 常用工具
01. 公共数据库
02. 数据下载
03. 常用下载工具详解-Entrez
04. Blast 比对软件
05. FastQC质控软件
06. SeqKit 工具
第二章 组装与比对
第二章 组装与比对
01. 基本比对流程
02. 细菌基因组组装
第三章 基因组注释
第三章 基因组注释
01. Prokka 快速注释
02. Eggnog 注释
03. SNP注释工具 snpEFF
第四章 基因组可视化
第四章 基因组可视化
01. igv
02. circos
03. clinker
第五章 各种软件数据库组内分享
第五章 各种软件数据库组内分享
01. alphafold2
02. blast
03. bracken
04. BUSCO
05. Canu and gepard
06. defense-finder
07. eggNOG-Mapper
08. Exonerate
09. foldseek
10. hmmer
11. mmv
12. MrBayes
13. parallel
14. RAxML
15. RepeatMasker
16. spades (plasmid)
17. SRA下载及格式转换
18. tree
Tutorial
Tutorial
有关集群使用
有关集群使用
01. 共享软件列表
02. 共享数据库列表
03. sbatch提交作业模板
04. 共享软件使用流程
05. 集群使用常见问题
集群作业调度系统slurm
集群作业调度系统slurm
01. slurm简介
02. 显示队列、节点信息:sinfo
03. 查看队列中的作业信息:squeue
04. 查看详细作业信息:scontrol show job
Linux入门
Linux入门
01. Linux 基本命令
02. vim
常用编程语言
常用编程语言
01. Shell 脚本
02. Python 编程
03. R 编程
04. Perl 编程
数据文件格式
数据文件格式
01. fasta
02. embl
03. fastq
04. gcg
05. sam
06. bam
07. bed
08. vcf
09. gff
SAM 格式
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