hmmer¶

分享者：bioinfo02

hmmer

2024年1月26日

20:27

安装：

conda create -n hmmer

conda install bioconda::hmmer 或者conda install bioconda/label/cf201901::hmmer

使用说明：

Usage: hmmsearch [options]

用法：hmmsearch 参数 hmm文件序列数据库

例：

hmmsearch --tblout 17978_result_out -E 0.0000001 vgrG.hmm 17978_protein.faa

-o : direct output to file , not stdout

输出到文件中，而不是到标准输出

-A : save multiple alignment of all hits to file

将所有命中的多序列比对输出到文件

--tblout : save parseable table of per-sequence hits to file

保存每个序列的命中结果的解析表到文件中

--domtblout : save parseable table of per-domain hits to file

保存每个结构域的命中结果的解析表到文件中

--pfamtblout : save table of hits and domains to file, in Pfam format

保存命中和结构域的表格到文件，Pfam形式

--acc : prefer accessions over names in output

在输出文件中将登录号覆盖名字

--noali : don't output alignments, so output is smaller

不要输出比对，这样输出会变得更小

--notextw : unlimit ASCII text output line width

不限制ASCII文本输出行的宽度

--textw : set max width of ASCII text output lines [120] (n>=120)

设置ASCII文本输出行的最大宽度