RepeatMasker¶

分享者：bio0011

更新时间：20241030¶

RepeatMasker 是一个广泛使用的生物信息学工具，专门用于识别和屏蔽（mask）基因组序列中的重复序列。它可以有效地帮助研究人员识别不同种类的重复元素，包括短散在重复序列（SINEs）、长散在重复序列（LINEs）、转座子、简单重复序列等。

我的应用：

屏蔽重复序列： RepeatMasker 可以用特定符号（如 "N" 或 "X"）替换被检测出的重复序列（真菌），从而屏蔽这些区域，防止它们在下游分析（如基因预测或比对）中造成干扰。

#!/bin/bash

#SBATCH -J Repeat

#SBATCH -o %j.out

#SBATCH -e %j.err

#SBATCH -D /platform_data/User/bio0011/fungi/Data/

#SBATCH -p compute_nodes

#SBATCH -N 1

#SBATCH -n 60

repeatmasker_dir=/platform_data/Software/RepeatMasker

database_dir=/platform_data/User/bio0011/fungi/Libraries/RMRBSeqs.embl

cd "$repeatmasker_dir"

./configure -lib "$database_dir"

find "$/platform_data/User/bio0011/fungi/Data/Candida_albicans_Data" -type f -name "*.fna" -exec ./RepeatMasker -species fungi -dir /platform_data/User/bio0011/fungi/Data/Ca_al_result -c 60

database_dir：指定RepeatMasker的数据库路径
configure -lib "$database_dir"：配置RepeatMasker以使用指定的重复序列库。-lib参数用于指定库文件的路径，即前面定义的database_dir。
-exec ./RepeatMasker：在找到的每个文件上执行RepeatMasker，识别和屏蔽重复序列。
-species fungi：指定RepeatMasker使用“真菌”作为物种信息。RepeatMasker使用该信息来优化屏蔽参数，并选择适合真菌的重复序列。