RAxML¶

分享者：labstd02

RAxML构建最大似然法进化树

同样是基于phylophlan产生的对齐文件：faa_file_concatenated.aln

① 简单快速方式

raxmlHPC -f a -x 1234 -p 1234 -# 10000 -m PROTGAMMALGX -s faa_file_concatenated.aln -n ex -T 150

② 并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：

mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 1234 -p 1234 -# 10000 -m PROTGAMMALGX -s faa_file_concatenated.aln -n ex -T 8

其中：

--f a a表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。

--x 1234指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。

--p 1234 指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。

--# 10000指定 bootstrap 的次数。

--m PROTGAMMALGX

指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表示氨基酸替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。

结果文件：

最终将结果文件RAxML_bestTree.ex上传至itol。