开始之前¶
关于本笔记¶
本笔记是由实验室成员共同收集整理，记录了大量关于微生物相关的常用生物信息学软件及数据库资料，也汇集了一些实例，形成了一个可以快速参考和学习的手册，便于组内成员互相交流学习；同时也希望能对从事该领域的其他工作者提供便利。
Linux 与生物信息¶
Linux 与生物信息学紧密相关，许多软件运行和数据分析都适合或必须运行在 Linux 操作系统中。关于 Linux 的教学网络上不计其数，这里只对在测序数据分析中可能涉及到的一些基本 Linux 操作做一个简单的介绍。
生信运行环境¶
生信软件的运行平台环境一般分为以下几种：
- 基于web：可以在win/mac/linux/bsd等平台运行，只需系统有图形界面，并安装了现代化的主流浏览器如chrome/firefox等。
- 纯windows环境：常见的商业软件往往只能在win环境下运行，如bionumerics等。
- 多平台环境：许多生信软件是采用java开发，可以在多个平台下运行。一些C开发的程序也有win/mac/linux版本。
- 纯linux环境：许多生信软件只能在linux/mac环境下运行，其中大部分又是基于命令行而不需要图形界面。