FastQC

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当二代测序的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是FastQC。

安装：

用conda 安装

$ conda install fastqc

下载压缩包安装：

FastQC的官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

FastQC的下载地址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

最新版

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip

linux命令：nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip 1>fastqc.o 2>fastqc.e

得到压缩包：fastqc_v0.12.1.zip

解压：unzip fastqc_v0.12.1.zip

进入FastQC

查看help文档：fastqc -h

增加可执行权限：chmod 754 fastqc

无需编译，直接运行

使用

运行命令：

$ fastqc -f fastq -o result/ clean_r1.fq clean_r2.fq